Zur optimalen Patientenversorgung hat das Bundeswehrkrankenhaus Ulm durch die interdisziplinäre Zusammenarbeit verschiedener Kliniken Kompetenzzentren etabliert.
Das Traumazentrum am Bundeswehrkrankenhaus Ulm erfüllt alle geforderten Voraussetzungen zur Schwerverletztenversorgung. Die besondere Leistungsfähigkeit entsteht nicht durch die Leistung einer einzelnen Abteilung, sondern durch die abteilungsübergreifende Zusammenarbeit in einem hochspezialisierten Team aus Ärzten, Pflegekräften und medizinisch-technischen Assistenten der verschiedenen Fachdisziplinen, die für die umfassende Behandlung schwerverletzter Patienten notwendig ist.
Die Kopfklinik ist in das Traumazentrum eingebettet und ermöglicht eine optimale Versorgung polytraumatisierter Patienten mit Schädelhirntrauma.
Im Oktober 2007 entstand das Chirurgische Zentrum in seiner jetzigen Form mit mehreren Kliniken. Es ist aus der seit 1980 ungeteilten Chirurgie entstanden. Im Zuge der Spezialisierung der Chirurgie wurde diese Struktur mit Einzelkliniken notwendig.
Das Zentrum für Gefäßmedizin versteht sich als interdisziplinäres Zentrum zur Diagnostik und Therapie von Gefäßerkrankungen und -verletzungen. Die enge Zusammenarbeit der Sektion Angiologie der Klinik für Innere Medizin, der interkonventionellen Radiologie und der Klinik für Gefäßchirurgie erlaubt ein wohl abgestimmtes, ganzheitliches und auf den Patienten zugeschnittenes Behandlungskonzept unter Nutzung aller modernen Verfahren der Diagnostik und Therapie von Gefäßerkrankungen.
Das von der Deutschen Krebsgesellschaft (DKG) zertifizierte Darmzentrum nimmt einen großen Stellenwert in der Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Thoraxchirurgie bei der Behandlung von bösartigen Erkrankungen des Dickdarms ein. Darmkrebs ist die zweithäufigste Krebserkrankung in Deutschland. Deshalb wurde 2010 das Darmzentrum am Bundeswehrkrankenhaus Ulm gegründet.